外国政府和国际金融组织贷款赠款财政专户主要是满足国际贷赠款资金核算管理需要，根据贷赠款方要求开设，原则上一个项目开设一个账户。由于在人民银行开设的国库单一账户只能核算人民币资金，财政部门接受的外币贷赠款资金，以及用于偿还贷款的外币资金，按照现行外汇资金管理规定，只能在商业银行开设账户进行管理。国际贷赠款专户资金来源主要包括外国政府和国际金融组织提供的贷款和赠款，如世界银行提供的卫生项目贷款、英国政府提供的中国结核病控制项目赠款等，资金支出时按照外国政府和国际金融组织贷款赠款管理办法等有关规定，根据用款单位申请支付给最终收款人。
此外，过去为了对预算外资金收支统一核算和集中管理，《预算外资金管理实施办法》规定预算外资金由财政部门建立统一财政专户，实行收支两条线管理 。但在2010年预算外资金纳入预算管理以后，预算外资金财政专户也已经取消，随着预算外资金一同成为了历史。
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